CHARMM案例

1.6. CHARMM案例#

CHARMM-GUI——蛋白质配体复合物

1.6.1. 环境准备#

由于目前无法通过 conda 直接安装，CHARMM程序的安装稍微麻烦，学术用户可通过在官网申请获得 CHARMM 的免费使用权限，然后获得源码，再编译安装。

sudo pacman -S cmake gfortran

tar xvzf charmm.tar.gz
./configure
cd build/cmake
make
make install

但相比来说，CHARMM提供了具有GUI界面的web建模平台（CHARMM-GUI），可以为广泛使用的模拟软件包（如 CHARMM，NAMD，GROMACS，AMBER，GENESIS，Tinker，LAMMPS，Desmond 和 OpenMM）准备输入文件。这一点对于新手入门是友好的。

CHARMM-GUI是一个能够通过交互方式为复杂体系准备分子动力学模拟输入文件的网络平台。集成了多个功能模块，可用于一站式分子建模和模拟。

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