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目录
1. 快速入门
1.1. 安装 Linux
1.2. 安装GROMACS
1.3. GROMACS案例
1.4. LAMMPS案例
1.5. AMBER案例
1.6. CHARMM建模
2. 技能进阶
2.1. GROMACS概述
2.2. LAMMPS概述
2.3. AMBER概述
2.4. CHARMM概述
2.5. GLYCAM力场
2.6. Conda入门
2.7. VScode入门
2.8. AutoDock Suite
2.9. Cellulose-Builder
3. 案例复现
3.1. 纤维素-聚丙烯复合材料
3.2. 香料分子与白细胞抗原
3.3. 糖苷聚糖和蛋白质结晶
3.4. 香豆素与雄激素受体
3.5. 芦丁和新冠蛋白酶
4. 背景知识
4.1. 分子力学概述
4.2. 分子动力学概述
4.3. 分子对接概述
4.4. 概述
4.5. 分子模拟概述
4.6. 国内外研究进展
4.7. 如何判断模拟达到平衡
4.8. 模拟参数的设置
4.9. 模拟退火
4.10. 相互作用力
4.11. 粗粒化模拟
4.12. 统计力学概述
4.13. 自由能的计算
4.14. 蒙特卡洛模拟
4.15. 蛋白质二级结构
4.16. 量子化学概述
4.17. 静电势的计算
4.18. 对接软件汇总
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