3. 案例复现# 索引: 3.1. 纤维素-聚丙烯复合材料 3.1.1. 力场参数 3.1.2. 水中的纤维素-平衡MD 3.1.3. 聚丙烯基体-退火模拟 3.1.4. 复合材料的模拟 3.1.5. 弹性性质研究-非平衡MD 3.2. 香料分子与白细胞抗原 3.2.1. 配体准备 3.2.2. 受体准备 3.2.3. 初步筛选 3.2.4. 精细对接 3.3. 糖苷聚糖和蛋白质结晶 3.3.1. 模型构建 3.3.2. 力场与模拟参数 3.3.3. 执行 MD 3.3.4. 结果分析 3.4. 香豆素与雄激素受体 3.5. 芦丁和新冠蛋白酶 3.5.1. 分子对接 3.5.2. 分子动力学模拟