4. 背景知识# 索引: 4.1. 分子力学概述 4.1.1. 原理 4.1.2. 相互作用类型 4.1.3. 力场分类 4.1.4. 常见分子力场 4.1.5. 拓展阅读 4.2. 分子动力学概述 4.2.1. 原理 4.2.2. 分子动力学模拟的计算机实现 4.2.3. 分子动力学模拟一般流程 4.2.4. MD模拟软件 4.3. 分子对接概述 4.3.1. 定义 4.3.2. 原理 4.3.3. 分类 4.3.4. 技术实现 4.3.5. 对接软件 4.3.6. 应用 4.3.7. 结果分析 4.3.8. 什么是 Superposition 4.3.9. 分子对接与分子动力学模拟的联系 4.3.10. 拓展阅读 4.4. 概述 4.4.1. 模型分类 4.4.2. 模拟环境 4.4.3. 同源建模 4.5. 分子模拟概述 4.5.1. 认识分子模拟 4.5.2. 相关概念辨析 4.5.3. 意义和应用 4.5.4. 分子模拟流程 4.5.5. 分子模拟分类 4.6. 国内外研究进展 4.6.1. 相关课题组 4.7. 如何判断模拟达到平衡 4.8. 模拟参数的设置 4.8.1. 系综的选择 4.8.2. 恒温器与恒压器 4.8.3. 盒子尺寸 4.8.4. 模拟崩溃 4.9. 模拟退火 4.9.1. 拓展阅读 4.10. 相互作用力 4.10.1. 氢键 4.10.2. 静电 4.11. 粗粒化模拟 4.11.1. Martini 力场 4.11.2. 水分子模型 4.11.3. 可视化 4.11.4. 拓展阅读 4.11.5. VerMoUTH 和 martinize2 4.11.6. 分辨率转换 4.12. 统计力学概述 4.12.1. 分类 4.12.2. 系综 4.12.3. 拓展阅读 4.13. 自由能的计算 4.13.1. Alchemical 4.13.2. 经典的计算方法 4.13.3. 生物大分子自由能计算方法 4.14. 蒙特卡洛模拟 4.15. 蛋白质二级结构 4.15.1. 分类 4.15.2. 计算二级结构的方法 4.15.3. 测定二级结构的方法 4.15.4. 预测二级结构 4.16. 量子化学概述 4.16.1. 量子化学计算软件 4.16.2. 拓展阅读 4.17. 静电势的计算 4.17.1. 分子静电学 4.17.2. 静电势 4.17.3. 原子电荷 4.17.4. 净电荷 4.17.5. 相关工具 4.17.6. 应用 4.17.7. 拓展阅读 4.18. 对接软件汇总 4.18.1. ZDOCK 4.18.2. Rosetta 4.18.3. GRAMM 4.18.4. Hex Protein Docking 4.18.5. PatchDock and SymmDock and FireDock 4.18.6. RxDock 4.18.7. RPXDock 4.18.8. 其它
