Conda入门

2.6. Conda入门#

Conda是软件包、依赖项和环境管理工具，可在 Windows、macOS 和 Linux 上运行, 用于快速安装、运行和更新开源软件包及其依赖项。这里我们使用conda来建立虚拟环境, 安装和管理GROMACS等分子模拟软件.

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图. 2.6.1 Conda包管理器#

Anaconda是Conda的开发者, 也是一个预先建立和配置好的软件包发行版, Anaconda Distribution 中包含了Conda 包管理器、Python 解释器，以及 1500+ 预安装科学计算包.

2.6.1. 安装Miniconda#

Miniconda 是一个 Anaconda 公司提供的轻量级发行版，包含 Conda 包管理器、Python 和一些必需的基础包, 安装教程参见1.2安装GROMACS; 或者根据官方文档安装：

  • 区别：Anaconda/Miniconda 都是打包好的Conda安装程序, 可以帮你一键安装 Python + Conda + 一些软件包, 不同之处在于Anaconda同时打包了1500+个常用的软件包, 可以一次性安装到你到python环境中; 而Miniconda时一个最小的python+conda安装程序, 只包含了最必要的包, 适合用户按需安装软件.

  • 如何选择 Anaconda Distribution or Miniconda?

  • 安装 Miniconda - Anaconda

注意事项：

  • 安装后将conda环境启动时终端命令提示符中会出现“(base)”字样Linux终端出现“(base)“linux (base)-CSDN博客。

  • 如果希望在启动时不激活conda的base环境，通过在conda的配置文件.condarc中中将 auto_activate_base 参数设置为 false

    • 执行命令：conda config --set auto_activate_base false

  • 想在启动Linux时默认进入某个环境，在 ~/.bashrc文件末尾加一行conda activate your_envs

2.6.2. conda常见命令#

  1. conda init --all: 配置 Conda 环境, 自动修改系统的 shell 配置文件（如 .bashrc、.zshrc、PowerShell 配置等）, 使得每次打开终端时，Conda 会自动加载并准备就绪。

  2. 环境配置

    • conda config --add channels <channel_name>: 配置软件源（Channel）, 指定 Conda 从哪些渠道搜索和下载包

    • conda config --remove channels <channel_name>: 移除软件源

    • conda create -n <env_name>：创建新环境

      • env_name是你自定义的环境名

    • conda activate <env_name>：激活环境

    • conda deactivate <env_name>：退出当前环境

    • conda env list 或者 conda info --envs：列出所有环境

    • conda remove -n <env_name>：删除环境

  3. 包管理

    • conda install <package_name>：安装包

    • conda update <package_name>：更新包

    • conda remove <package_name>：卸载包

    • conda list：查看已安装的包

    • conda clean：清理缓存

  4. 环境导出与克隆

    • conda env export：导出环境配置

    • conda env create --file env.yml：通过环境配置文件创建环境

    • conda list --explicit：导出所有包的精确安装列表

    • conda clone：克隆现有环境

  5. 搜索和查看

    • conda search：搜索包

    • conda info：显示环境和配置的详细信息

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