1. 快速入门

对于新手来说, 从头学习模拟软件的理论知识过于乏味, 因此如何快速让模拟跑起来是很有意义的.

索引:

• 1.1. 安装 Linux
  • 1.1.1. 实现方案
  • 1.1.2. 安装WSL
  • 1.1.3. 卸载WSL
  • 1.1.4. WSL的备份与导入
• 1.2. 安装GROMACS
  • 1.2.1. GROMACS的版本和平台
  • 1.2.2. 在Windows系统安装
  • 1.2.3. 在Linux系统安装
• 1.3. GROMACS案例
  • 1.3.1. 准备工作
  • 1.3.2. 步骤1-生成拓扑结构
  • 1.3.3. 步骤2-调整模拟盒子
  • 1.3.4. 步骤3-添加溶剂(溶剂化蛋白质)
  • 1.3.5. 步骤4-添加离子
  • 1.3.6. 步骤5-能量最小化
  • 1.3.7. 步骤6-NVT平衡
  • 1.3.8. 步骤7-NPT平衡
  • 1.3.9. 步骤8-MD模拟
  • 1.3.10. 模拟后处理与分析
• 1.4. LAMMPS案例
  • 1.4.1. 准备水盒子
  • 1.4.2. 将 PEG 溶于水中
  • 1.4.3. 拉伸PEG分子
  • 1.4.4. 结果分析
• 1.5. AMBER案例
  • 1.5.1. 环境准备
  • 1.5.2. 生成肽链
  • 1.5.3. 能量最小化
  • 1.5.4. 升温平衡
  • 1.5.5. 成品 MD
  • 1.5.6. 结果分析
• 1.6. CHARMM案例
  • 1.6.1. 环境准备