Scope

Scope#

模拟技术#

分子对接#

  1. 结合的亲和力打分 (affinity, kcal/mol)

  2. 预测结合位点, 结合处残基

  3. 优势结合构象对接图(可视化)

  4. 相互作用分析图

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结合口袋表面（位点预测）图

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优势构象相互作用图 ref1

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2D相互作用图

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相互作用类型图

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残基接触图

蒙特卡洛模拟#

分子动力学模拟#

模拟方法#

量子化学#

分子力学#

全原子模拟#

粗粒化模拟#

化学反应模拟#

模拟软件#

AutoDock 和 Vina#

GROMACS#

  1. 模拟轨迹图, 模拟盒子可视化

  2. RMSD, RMSF: 结构稳定性评估

  3. 结合自由能计算 (两个研究对象)

  4. 蛋白质二级结构分析

  5. 主成分分析

  6. B 因子分析

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图. 1 MD模拟在蛋白质研究中的应用#

AMBER#

目的#

最佳构象#

分析结合机制#

虚拟筛选#

相互作用分析#

蛋白质折叠#

结合能计算#

静电势计算#

原子电荷计算#

相转变#

  • 结晶

  • 相分离

  • 熔化

  • 自组装

界面现象#

  • 吸附

  • 润湿

材料性能计算#

研究对象#

生物大分子及其复合物#

聚合物及高分子材料#

有机小分子#

无机材料#

目录